菏泽学院高等教育研究所成立于2014年4月，是学校专门从事高等教育理论研究的科研机构，主要负责高等教育理论与实践研究、高等教育信息收集整理等工作。高等教育研究所下设研究室，杨冬同志任高等教育研究所所长，王风雷同志任研究室主任。

高等教育研究所主要职能有以下几个方面：开展高等教育理论与实践研究；围绕学校建设和发展重大问题进行深入调研，为学校教育教学改革、领导决策提供参考；跟踪国内外高等教育发展动态，收集高等教育研究信息，为广大教职工提供最新的高等教育改革信息；加强与上级和其他高校高等教育研究机构的业务联系和学术交流；做好高等教育文献资料的收集、整理；完成上级和学校交办的其他工作。

高等教育研究所成立以来，认真落实学校办学指导思想，充分发挥科学研究、组织管理、信息交流、咨询服务等职能，围绕学校中心工作，积极开展高等教育理论与实践研究，取得了一定成果。到目前为止，高等教育研究所主持完成省级项目4项、厅级项目5项、校级项目3项，撰写研究报告5篇，出版学术专著4部，发表学术论文多篇。

高等教育研究所将按照学校发展目标，认真开展高等教育理论研究与实践探索，积极服务于学校的改革与发展，力争把高等教育研究所建成学校事业发展和决策的参谋咨询中心、高等教育发展的理论研究中心。

高等教育研究所工作对外服务的承诺是：文明礼貌、热情周到；认真负责、快速高效；改革创新、重在质量。